Buya Yahya selama 9 tahun di Yaman belajar fiqih diantaranya kepada para Mufti Hadramaut Syekh Fadhol Bafadhol, Syekh Muhammad Al Khotib, Syekh Muhammad Baudhon, dan Habib Ali Masyur Bin Hafidz.
Dari Habib Salim Asy-Syathiri Buya Yahya sempat mengambil beberapa disiplin ilmu diantaranya: Fiqih, aqidah, ulummul quran dan mustholah alhadits.
Walaupun Buya Yahya tidak tinggal di pesantren (Rubath) Habib Salim Asy-Syathiri Buya Yahya mendapatkan kesempatan yang sangat banyak untuk belajar dari beliau.
Baca Juga:Buya Yahya Raih Gelar Profesor KehormatanSelain Promo, Ternyata Ada Kejutan Imlek Bagi Penumpang Kereta
Sebab di pagi hari Habib Salim mengajar di kampus dan sore hari hingga malam Buya Yahya mendapatkan waktu khusus selama hampir 2 tahun untuk belajar dari beliau empat kali dalam seminggu mulai ashar hingga isya di Rubath Tarim.
Ilmu bahasa Arabnya di ambil dari Syekh Muhammad Alhafid Assyingqiti, dengan kitab terakhir yang di kaji adalah Thurroh Uquduljuman dalam ilmu balaghoh, Thurroh lamiyatul Af’al dalam ilmu shorof .
Dan Thurroh Alfiyah Ibnu Malik dalam ilmu nahwu yaitu Alfiyah Ibnu Malik dengan tambahannya menjadi 2800 nadhom. Ilmu fiqih perbandinganya diambil diantaranya dari Prof Dr. Ahmad Ali Toha Arroyyan dari Mesir, seorang Alim dari madzhab Maliki.
Buya Yahya sempat mengajar di Yaman selama lima tahun di Fakultas Tarbiyah dan Dirosah Islamiah (khusus putri) dan di Markas Pendidikan Bahasa Arab Universitas Al-Ahgaff.