Diriwayatkan bahwa KH Amien Sepuh merupakan santri dari Syekh KH Kholil Bangkalan sekitar tahun 1893. Pada waktu itu Kiai Amin Sepuh juga mendapat pengajaran dari Hadratus Syekh KH Hasyim Asy’ari, muassis Nahdlatul Ulama (NU).
Pada masa pengasuhan KH Amin Sepuh, Pondok Babakan atau Pondok Gede Bacicir mencapai masa keemasan.  Para santri atau alumninya sukses mengamalkan ilmu di tengah-tengah masyarakat. Para alumni atau santrinya KH Amin Sepuh yang menjadi tokoh agama di wilalayah 3 Cirebon bahkan menyebar ke pelosok Indonesia, di antaranya almarhum Kang Ayip Muh atau Syarif  Muhammad bin Yahya di Kota Cirebon, KH Syakur Yassin di Indramayu, KH Abdullah Abbas (Buntet), KH Syukron Makmun (Jakarta), KH Hannan, KH Sanusi, KH Machsuni (Kwitang), dll.
Pesantren yang sudah berdiri lebih dari 3 Abad ini sekarang masih tetap eksis dan lebih berkembang lagi. Â Kini ada lebih dari 40 asrama atau pondok. Santri di sana tidak hanya mendapatkan pengajaran dirosah atau diniyah, tapi pelajaran umum juga. Dengan mengikuti pendidikan di jenjang SMP atau MTs, SMA atau Madrasah Aliyah, bahkan tingkat perguruan tinggi melalui ma’had aly.
Baca Juga:BUKAN DI BALI, Pantai Malang Selatan Ini MenakjubkanIkatan Mahasiswa Kuningan Wilayah Cirebon Ngabdi di Desa Giriwaringin
Dalam rangkaian peringatan 1 abad Nahdlatul Ulama (NU) beberapa waktu lalu, pesantren tertua di Cirebon ini mendapat penghargaan dari Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU). Â PBNU memberikan penghargaan bagi Pesantren Babakan Ciwaringin Cirebon sebagai Pesantren yang Telah Berdiri Lebih dari 3 Abad. Selamat dan eksis selalu untuk umat. (*)